Fondé en 1791 grâce à une donation des frères Bengt et Peter Jonas Bergius, le jardin a d’abord vu le jour dans leur propriété privée à Vasastaden. Après leur décès, il fut confié à l’Académie royale des sciences de Suède.
Face à l’urbanisation croissante, le site fut déplacé en 1885 sur un terrain plus vaste à Frescati, en lisière de Stockholm, au bord du lac Brunnsviken, à proximité du musée d’histoire naturelle et du campus universitaire.
Aujourd’hui, le jardin est géré conjointement par l’Académie des sciences et l’Université de Stockholm.
